解:$(1)$设甲种树苗每棵的价格为$x$元,乙种树苗每棵的价格为$y$元
根据题意,得$\begin{cases}{3x+2y=12}\\{x+3y=11}\end{cases},$解得$\begin{cases}{x=2}\\{y =3}\end{cases}$
答:甲种树苗每棵的价格为$2$元,乙种树苗每棵的价格为$3$元。
$ (2)$设种植乙种树苗$m$棵,则种植甲种树苗$(200-m)$棵
根据题意,得$2×100(200-m)+3×100m≥50000$
解得$m≥100$
所以$m$的最小值为$100$
答:乙种树苗种植数量不得少于$100$棵。