$(1)$证明:∵$AB=AC$
∴$∠B=∠C$
∵$△ABC≌△DEF$
∴$∠AEF=∠B$
∵$∠AEF+∠CEM=∠AEC=∠B+∠BAE$
∴$∠CEM=∠BAE$
∴$△ABE∽△ECM$
$ (2) ①$当$DE⊥BC$时,∵$AB=AC$
∴$∠BAE=∠EAM$
∵$△ABC≌△DEF$
∴$∠B=∠DEF$
∴$△ABE∽△AEM$
∴$\frac {AB}{AE}=\frac {AE}{AM},$$∠AME=∠AEB=90°$
∵$AB=AC=5,$$DE⊥BC,$$BC=6$
∴$BE=EC= \frac 12BC=3$
在$Rt△ABE$中,$AE=\sqrt{AB^2-BE^2}=\sqrt{5^2-3^2}=4$
∴$\frac {5}{4}=\frac {4}{AM}$
∴$AM=\frac {16}{5}$
∴$CM=AC-AM=5- \frac {16}{5}=\frac {9}{5} $
②在$Rt△AEM$中,$EM=\sqrt{AE^2-AM^2}=\sqrt{4^2-(\frac {16}{5})}=\frac {12}{5}$
∴$S_{△AEM}= \frac 12AM·EM= \frac {1}{2}× \frac {16}{5}× \frac {12}{5}= \frac {96}{25}$
∴叠部分的面积为$ \frac {96}{25} $
$(3)$∵$∠AEF=∠B=∠C,$且$∠AME> ∠C$
∴$∠AME> ∠AEF$
∴$AE≠AM$
当$AE=EM$时,$△ABE≌△ECM$
∴$CE=AB=5$
∴$BE=BC-EC=6-5=1$
当$AM=EM$时,$∠MAE=∠MEA$
∴$∠MAE+∠BAE=∠MEA+∠CEM,$即$∠CAB=∠CEA$
又∵$∠C=∠C$
∴$△CAE∽△CBA$
∴$\frac {CE}{CA}=\frac {CA}{CB}$
∴$CE=\frac {CA^2}{CB}=\frac {25}{6}$
∴$BE=6- \frac {25}{6}=\frac {11}{6}$
∴$BE=1$或$BE=\frac {11}{6}$