解:$(1)$设该轮船在静水中的速度是$x\ \mathrm {km/h},$水流速度是$y\ \mathrm {km/h}$
根据题意,得$ {{\begin{cases} {{6(x+y)=90}}\\{(6+4)(x-y)=90} \end{cases}}},$
解得${{\begin{cases} {{x=12}}\\{y=3} \end{cases}}}$
∴该轮船在静水中的速度是$12\ \mathrm {km/h},$水流速度是$3\ \mathrm {km/h}$
$(2)$设甲、丙之间相距$a\ \mathrm {km},$则乙、丙之间相距$(90-a)\ \mathrm {km}$
根据题意,得$ \frac {a}{12+3}=\frac {90-a}{12-3}$
解得$a=56.25$
答:甲、丙之间相距$56.25\ \mathrm {km}.$