解：$(1)$根据表中损坏的频率，当试验次数增多时，柑橘损坏的频率越来越稳定在
$0.1$左右，所以柑橘损坏的概率为$0.10$
$ (2)$根据估计的概率可以知道，
在$10 000$千克柑橘中完好柑橘的质量为$10000×0.9=9000($千克).
设每千克柑橘的销售价为$x$元，
则应有$9000x=2×10000+5000，$
解得$x≈2.8$
所以出售柑橘每千克最低定价为$2. 8$元时可获利$5000$元.
