解:$(1)$设甲操控$A$型号收割机每小时能收割$x$亩水稻,
则乙操控$B$型号收割机每小时能收割$(1-40\%)x$亩水稻.
依题意,得$\frac 6{(1-40\%)x}-\frac 6x=0.4,$
解得$x= 10$
经检验,$x= 10$是原方程的解,且符合题意
∴$(1-40\%)x=(1-40\%)×10=6$
∴甲操控$A$型号收割机每小时能收割$10$亩水稻,乙操控$B$型号收割机每小时能收割$6$
亩水稻.
$ (2) $设安排甲收割$y$小时,则安排乙收割$\frac {100-10y}6$小时.
依题意,得$3\%×10y+2\%×6×\frac {100-10y}6≤2.4\%×100,$
解得$y≤4.$
∴最多安排甲收割$4$小时.