解:$(1) $设$ 1 $辆大货车一次可以运货$ x\ \mathrm {t},$$1 $辆小货车一次可以运货$ y\ \mathrm {t}$
由题意,得$ \{\begin{array}{l}3x+4y=29\\2x+6y=31\end{array},$解得$ \{\begin{array}{l}x=5\\y=3.5\end{array} $
∴$1 $辆大货车一次可以运货$ 5\ \mathrm {t},$$1 $辆小货车一次可以运货$ 3.5\ \mathrm {t}$
$(2) $设该货运公司安排$m $辆大货车运货,则安排$(10-m)$辆小货车运货
由题意,得$ 5m+3.5(10-m)≥46.4,$解得:$m≥7.6$
∵$m $是自然数,且$m≤10$
∴$m $可取$8,$$9,$$10$
当$m=8$时,$10-m=2,$则费用为$500×8+300×2=4600($元);
当$ m=9$时,$10-m=1,$则费用为$500×9+300×1=4800($元);
当$ m=10$时,$10-m=0,$则费用为$500×10=5000($元)
∵$4600<4800<5000$
∴该货运公司安排$8$辆大货车和$2$辆小货车运货最节省费用,最低费用为$4600$元