解:$(1)$因为$△=b^2-4ac=[-(2k+3)]^2-4×1×(k^2+3k+2)=1>0,$
所以方程总有两个不相等的实数根.
$x^2-(2k+3)x+k^2+3k+2=0$的解为$x=\frac {2k+3±1}{2},$
$∴x_1=k+2,$$x_2=k+1,$
设$AB=k+2,$$AC=k+1,$
当$AB^2+AC^2=BC^2,$即$(k+2)^2+(k+1)^2=5^2,$
解得:$k_1=-5,$$k_2=2,$
由于$AB=k+2>0,$$AC=k+1>0,$
所以$k=2;$
当$AB^2+BC^2=AC^2,$即$(k+2)^2+5^2=(k+1)^2,$
解得:$k=-14,$
由于$AB=k+2>0,$$AC=k+1>0,$
所以$k=-14$舍去;
当$AC^2+BC^2=AB^2,$即$(k+1)^2+5^2=(k+2)^2,$
解得:$k=11,$
由于$AB=k+2=13,$$AC=12,$
所以$k=11,$
$∴k$为$2$或$11$时,$△ABC$是直角三角形.
$(2)$若$AB=BC=5$时,$5$是方程$x^2-(2k+3)x+k^2+3k+2=0$的实数根,
把$x=5$代入原方程,得$k=3$或$k=4.$
由$(1)$知,无论$k$取何值,$△>0,$
所以$AB≠AC,$故$k$只能取$3$或$4.$
根据一元二次方程根与系数的关系可得:$AB+AC=2k+3,$
当$k=3$时,$AB+AC=9,$
则周长是$9+5=14;$
当$k=4$时,$AB+AC=8+3=11.$
则周长是$11+5=16.$
综上所述,当$k=3$或$k=4$时,$△ABC$是等腰三角形,$△ABC$的周长分别是$14,$$16.$