$解：(1)设甲种水果的进价为每千克a元，乙种水果的进价为每千克b元$
$由题意，得\begin{cases}{60a+40b=1520 } \\{30a+50b=1360} \end{cases}，解得\begin{cases}{a=12}\\{b=20}\end{cases}$
$答：甲种水果的进价为每千克12元，乙种水果的进价为每千克20元。$
$(2)设第三次购进x千克甲种水果，则购进(200-x)千克乙种水果$
$由题意，得12x+ 20(200- x)≤3360，解得x≥80$
$设获得的利润为w元$
$由题意，得w=(17-12)×(x-m)+(30- 20)×(200-x-3m)=-5x-35m+ 2000$
$∵-5\lt 0，∴w随x的增大而减小$
$∴x= 80时，w的值最大，最大值为-35m+ 1600$
$由题意，得-35m+ 1600≥800，解得m≤\frac {160}{7}$
$∴正整数m 的最大值为22$
