解:$(1)$由题意,得$60-[(28-3)×1+(12+3)×1]= 20($海里$)$
答:两船同时航行$ 1 $小时,此时两船之间的距离是$20$海里$.$
$(2)(28-3)×2+(12+3)×2=80($海里$)$
由于$60<80$,∴两船相距$80-60=20($海里$)$
答:在$(1)$的情况下,两船再继续航行$1$小时,此时两船之间的距离是$20$海里$.$
$(3)$设需要$x$小时
$①$相遇前相距$12$海里,则$ [(28-3)+(12+3)]x=60-12$,解得$x=1.2$
$②$相遇后相距$12$海里,则$ [(28-3)+(12+3)]x=60+12$,解得$x=1.8$
综上所述,两船从开始航行到两船相距$12$海里,需要$1.2$小时或$1.8$小时$.$