解:$(2)$∵两次共购买$100$千克苹果,第一次购买的数量为$a$千克,且$a<50$
∴第二次购买的数量为$(100-a)$千克,$100-a>50$
当$a≤20$时,需要付费
$6a+6×20+5×20+4×(100-a-40)=(2a+460)$元
当$20<a≤40$时,需要付费
$6×20+5×(a-20)+6×20+5×20+4×(100-a-40)=(a+480)$元
当$40<a<50$时,需要付费
$6×20+5×20+4×(a-40)+6×20+5×20+4×(100-a-40)=520($元$)$