$解:(1)甲班费用16×3+32×2.5=128(元),乙班费用 48×2.5=120(元),128-120=8$
$答:乙班比甲班少付8元。$
$(2)设甲班第一次购买苹果x千克,甲班第二次购买苹果(48-x)千克，$
$由题意:48-x\gt x，即x\lt 24，$
$①当48-x≤30 ，即18≤x\lt 24 时,3x+3(48-x)=126 ，不合题意;$
$②当x\lt 18时,3x+2.5(48-x)=126解得x=12$
$答:甲班第一次购买苹果12千克，甲班第二次购买苹果 36千克。$
$(3)设丙班第一次购买苹果x千克,丙班第二次购买苹果(90-x)千克，$
$①当x≤30时，90-x≥60,3x+2(90-x)=196，x=16$
$②当30\lt x\lt 40时，90-x\gt 50,2.5x+2(90-x)=196，x=32$
$③当 40≤x\lt 50 时，40\lt 90-x≤50,2.5x+2.5(90-x)=196 ，不合题意$
$④当50≤x≤60 时，30≤90-x≤ 40,2x+2.5(90-x)=196，x=58$
$⑤当x\gt 60时，90-x\lt 30,2x+3(90-x)=196，x=74$
$综上所述，丙班第一次、第二次分别购买苹果16千克和 74千克;32千克和58千克;58千克$
$和 32千克;74千克和 16千克.$
