$解:(1)由题,“水稻2号”试验田是边长为(a-1)米的正方形$
$∴“水稻1号”试验田的面积为(a^{2}-1)平方米$
$“水稻2号”试验田的面积为(a-1)^{2}平方米$
$∵a^{2}-1-(a-1)^{2}=2(a-1)$
$由题意可知,a>1, ∴2(a-1)>0,即a^{2}-1>(a-1)^{2}$
$\ ∵两块试验田的水稻都收获了1000千克$
$∴“水稻2号”试验田的单位面积产量高$
$(2)\frac{1000}{(a-1)^{2}}÷\frac {1000}{a^{2}-1}=\frac{a+1}{a-1}$
$答:高的单位面积产量是低的单位面积产量的\frac {a+1}{a-1}倍.$