$解:(1)在y_{1}=kx+2(k≠0)中,令x=0,则y=2,∴B(0,2)$
$∵C(1,a),CE⊥y轴.,∴S_{△BCE}=\frac{1}{2}BE×CE=1,解得a=4或a=0(不合题意舍去),∴C(1,4)$
$∵点C(1,4)在双曲线y_{2}=\frac{m}{x}(m≠0)上,∴m=1×4=4$
$∴ 双曲线对应的函数解析式为y_{2}=\frac{4}{x}$
$(2)由图象,可知当0<x<1时,y_{1}<y_{2};当 x=1 时,y_{1}=y_{2};当x>1 时,y_{1}>y_{2}$
$(3)∵△BCE为直角三角形,点F在y轴上,以F,A,B为顶点的三角形与△BCE相似$
$∴点F在点B的下方,且∠ABF=∠CBE$
$①当∠AFB=90°时,易得点F与点O重合,∴ F(0,0)$
$②当∠FAB=90°时,设F(0,n),∵点C(1,4)在直线y_{1}=kx+2(k≠0)上,∴k+2=4,∴k=2,∴y_{1}=2x+2$
$当y=0时,x=-1,∴ A(-1,0)$
$∵B(0,2),C(1.4),∴E(0,,4),∴BE=2,AB=\sqrt{5},BC=\sqrt{5},BF=2-n$
$∵易知△FAB∽△CEB,∴\frac{BF}{BC}=\frac{AB}{EB}, 即\frac {2-n}{\sqrt {5}}=\frac{\sqrt{5}}{2},解得 n = -\frac{1}{2},∴F(0,-\frac{1}{2})$
$综上所述,点F的坐标为(0,0)或(0,-\frac{1}{2})$