$解:(1)一月份B款运动鞋销售了50×\frac{4}{5}=40(双)$
$(2)设A、B两款运动鞋的销售单价分别为x元,y元.$
$根据题意,得\left\{ \begin{array}{l}{50x+40y=40000}\\ {60x+52y=50000}\ \end{array} \right.$
$解得\left\{ \begin{array}{l}{x=400}\\ {y=500}\ \end{array} \right.$
$∴三月份的总销售额是400×65+500×26=39000(元),即3.9万元$
$(3)从销售量来看,A款运动鞋的销售量逐月增加,比B款运动鞋的销售量大,建议多进A款$
$运动鞋,少进或不进B款运动鞋$