$(1)$证明:∵四边形$ABCD$是正方形,∴$AB= AD$,$∠B=∠D=90°$
由折叠的性质,得$AF=AD$,$∠AFE=∠D=90°$
∴$AB=AF$,$∠AFG=180°-∠AFE=90°$
∵$AG=AG$,∴$Rt△ABG≌Rt△AFG(\mathrm {HL})$
解:$(2)$∵四边形$ABCD$是正方形,$CD=6$
∴$BC=CD=6$,$∠BCD=90°$
∵$CD=3DE$,∴$DE=\frac {1}{3}\ \mathrm {CD}=2$,∴$CE=CD-DE=4$
由折叠的性质,得$EF=DE=2$
由$(1)$,得$△ABG≌△AFG$,∴$BG=FG$
设$BG=FG=x$,则$CG=BC-BG=6-x$,$EG=EF+FG=2+x$
在$Rt△CEG $中,由勾股定理,得$CE²+ CG²=EG²$
∴$4²+(6-x)²=(2+x)²$,解得$x=3$,∴$CG=3$
$(3)$由$(2)$得$CG=3$,$CE=4$,$EF=2$,$∠ECG= 90°$,则$EG=5$,$FG=3$
∴$S_{△CEG}=\frac {1}{2}CG · CE=6$
∴$S_{△CFG}=\frac {3}{5}S_{△CEG}=\frac {18}{5}$
则$△CFG $的面积为$\frac {18}{5}$
$(4)△CEF $周长的最小值为$6 \sqrt {2}$