$解：(1)设长益段高铁全长为x千米，长益城际铁路全长为y千米$
$根据题意，得\begin{cases}{ y=x+40} \\{}{\dfrac {y}{60}=\dfrac {x}{16}×\dfrac {13}{30}} \end{cases}$
$解得\begin{cases}{x=64}\\{y=104 }\end{cases}$
$答：长益段高铁全长为64千米，长益城际铁路全长为104 千米。$
$(2)甲工程队原来每天施工64÷40×\frac {7}{7+9}=0.7(千米)$
$乙工程队每天施工64÷40×\frac {9}{7+9}=0.9(千米)$
$设甲工程队后期每天施工a千米$
$根据题意，得0.7×5+0.9×(40-3)+(40-3-5)a\geqslant 64$
$解得a\geqslant 0.85$
$答：甲工程队后期每天至少施工0.85千米，可确保整个工程提早3天以上(含3天)完成。$
