解:$(1)$设甲队平均每天修复公路$x$千米,则乙队平均每天修复公路$(x+3)$千米
根据题意,得$ \frac {60}x=\frac {90}{x+3},$解得$x=6$
经检验,$x=6$是所列方程的解,且符合题意
∴$x+3=9$
答:甲队平均每天修复公路$6$千米,乙队平均每天修复公路$9$千米。
$(2)$设甲队工作时间为$m $天,则乙队工作时间为$(15-m)$天
设$15$天的工期,两队能修复公路$w$千米
根据题意,得$w=6m+9(15-m)=-3m+135$
又$m≥2(15-m)$
解得$m≥10$
∵$-3<0,$∴$w$随$m $的增大而减小
∴当$m=10$时,$w$有最大值,最大值为$w=-3×10+135=105$
答:$15$天的工期,两队最多能修复公路$105$千米。