$解:因为正方形ABCD的边长为3$
$所以AB=BC=3,∠B=90°$
$因为CE=2BE,$
$所以BE=\frac {1}{3}BC = 1$
$设AN=x ,则BN=3 - x$
$因为点A经折叠后与点E重合,折痕为MN$
$所以MN垂直平分AE . $
$所以AN=EN=x$
$在Rt△BEN中,由勾股定理可得, EN²=BN²+BE²$
$因为EN=x,BN=3 - x, BE=1$
$所以x²=(3-x)²+1²$
$解得,x=\frac {5}{3}$
$所以AN=\frac {5}{3}$
$S_{△ANE}=\frac {1}{2}×AN×BE=\frac {5}{6}$