$解:由题意得, AD=BC=6 , AB=CD=3 , AE=t, BE=3-t ,$
$BF=2t, CF=6-2t$
$S= S_{矩形ABCD}-S_{△ADE}-S_{△BEF}-S_{△DFC}$
$=3×6-\frac {1}{2}×t×6-\frac {1}{2}×(3-t)×2t-\frac {1}{2}×(6-2t)×3$
$= t²-3t+9$
$所以△DEF的面积S与运动时间之间的函数表达式为$
$S= t²- 3t+9$
$因为S= t²-3t+9=(t-\frac {3}{2})²+\frac {27}{4}$
$所以当t=\frac {3}{2}时,△DEF的面积S取得最小值。$