$解：(1)设每棵乙种树苗的价格为x元，则每棵甲种树苗的价格为(x+6)元$
$根据题意，得\frac{800}{x+6}=\frac{680}{x}$
$解得x=34$
$经检验，x=34是所列方程的解，且符合题意。$
$∴x+6=34+6=40$
$答：每棵甲种树苗的价格为40元，每棵乙种树苗的价格为34元。$
$(2)设购买乙种树苗m棵，则购买甲种树苗(100- m)棵$
$根据题意，得40(100-m)+34m≤3800$
$解得m≥\frac{100}{3}$
$又∵m为整数$
$∴m的最小值为34$
$答：至少购买乙种树苗34棵。$
