解$：(1)$设每棵甲种树苗的价格为$x$元，每棵乙种树苗的价格为$y$元
根据题意得$\begin{cases}{3x+2y=12}\\{x+3y=11}\end{cases}$
解得$x=2，y=3$
每棵甲种树苗的价格为$2$元，每棵乙种树苗的价格为$3$元
$(2)5$万元$=50000$元.
设乙种树苗的种植数量为$m$棵，
则甲种树苗的种植数量为$(200-m)$棵.
根据题意，得$2×100(200-m)+3×100m ≥50000，$
解得$m≥100.$
答：乙种树苗的种植数量不得少于$100$棵.
