解$:(1)$设正方形的边长为$a, $则$S=a^2,$∴$a=\sqrt S;$
$(2)$设较短的直角边的长为$ x , $则较长的直角边的长为$ \frac {5}{4} x , $根据题意, 得
$S=\frac{1}{2} ×\frac{5}{4} x ×x ,\text { 即 } \frac{5}{8} x^{2}=S$
解得$ x_1=\frac {2 \sqrt {10\ \mathrm {S}}}{5}, x_2=-\frac {2 \sqrt {10\ \mathrm {S}}}{5} ($不符合, 舍去)
答: 较短的直角边的长为$ \frac {2 \sqrt {10\ \mathrm {S}}}{5} .$