$解:(1)设A种笔记本的单价是x元,$
$则B种笔记本的单价是(x+3)元,\ $
$根据题意,得 \frac{1800}{x} =2× \frac{1350}{x+3} ,$
$解得x=6,\ $
$经检验,x=6是原方程的解,且符合题意,\ $
$故A种笔记本的单价为6元.$
$(2)由(1)知B种笔记本的单价为9元,\ $
$W=6m+9(100-m)=-3m+900,$
$∵m≤2(100-m),∴m≤\frac{200}{3}.\ $
$∴0≤m≤\frac{200}{3},且m为整数.\ $
$∵-3<0,∴W随m的增大而减小.$
$当m=66时,W取最小值,最小值为702元.\ $
$故所需的最少经费为702元.$