解:$(1) $∵$4 ×16^{x}=2^{22}, $
∴$4 ×16^{x}=2^2 ×2^{4 x}=2^{2+4 x}=2^{22}, $
∴$2+4 x=22, $
∴$x=5 ; $
$(2) 设 3^{x}=t, 则 9^{x}=(3^2)^{x}=(3^{x})^2=t^2, $
∴$M=2\ \mathrm {t}^2-3\ \mathrm {t}+5, N=t^2-t-1 , $
∴$M-N=t^2-2\ \mathrm {t}+6=(t-1)^2 +5>0,$
即$ M>N .$