解:$(1)$∵在矩形$ABCD$中,$AB=3,$$AD=4$
∴$AC=BD=\sqrt {3^2+4^2}=5$
∵$\frac 12AF ·BD=\frac 12AB ·AD$
∴$AF=\frac {3×4}5=\frac {12}5$
同理,可得$DE=\frac {12}5$
∴在$Rt△ADE$中,$AE=\sqrt {AD^2-DE^2}=\sqrt {4^2-(\frac {12}5)^2}=\frac {16}5$
$(2) $∵$ AF<AB<AE<AD<AC$
∴若以点$A$为圆心作圆,$B,$$C,$$D,$$E,$$F$五点中至少有$1$个点在圆内,且至少有$2$个点在圆外,
则点$F$在圆内,点$D,$$C$在圆外
∴$\odot A$的半径$r$的取值范围是$2.4<r<4$