$解：(1)因为两船在静水中的速度都是50km/h，$
$水流速度是a km/h,\ $
$所以两船在行驶过程中的顺水速度都是(50+a)km/h,$
$逆水速度都是(50-a)km/h.$
$又因为甲、乙两船从B港口同时出发反向而行,$
$5h 后两船同时分别到达A、C两港口，$
$所以AB=5(50+a)=(250+ 5a)km，$
$BC=5(50-a)=(250-5a)km，$
$所以AC=AB+BC=250+ 5a+250-5a=500(km)$
$答:A、C两港口相距500km.$
$(2)由(1)可知AB=(250+5a)km，BC=(250-5a)km，$
$所以AB- BC=250+5α-(250-5a)=10a(km).\ $
$答:A、B港口间的距离比B、C港口间的距离$
$多10a km.$
$(3)设卸装货物后同时出发，两船又经过x h相遇，$
$则有(50+ a)x+(50-a)x=500，解得x=5.$
$相遇时，甲船逆水行驶，比开往A港口时的$
$速度更慢，故相遇时，在B港口的左边，$
$A港口的右边，设相遇在点D，作图如下:\ $
$则有AD=5(50-a)=(250-5a)(km)，$
$所以BD=AB-AD=250+5a-(250-5a)=10a=50(km)，$
$解得a=5，$
$所以CD=AC-AD=500-(250-5a)=275(km)，$
$所以甲船到达C港口还需时间为\frac{CD}{v_{逆水}}=\frac{275}{50-5}=\frac{55}{9}(h).\ $
$答:卸装货物后同时出发，两船又经过5h相遇.$
$若相遇处距B港口50km，甲船还需\frac{55}{9} h到达C港口.$
