解:$(1)$设购买乒乓球$x$盒
甲:$100×5+(x-5)×25=25x+375$
乙:$0.9×100×5+0.9x×25=22.5x+450$
当$25x+375=22.5x+450$时,解得$x=30$
故当购买乒乓球$30$盒时,两种优惠方式付款一样
$(2)$当买$20$盒乒乓球时
甲:$25×20+375=875($元$)$
乙:$22.5×20+450=900($元$)$
∵$875<900$,∴去甲商店购买更合算
$ $当买$40$盒乒乓球时
甲:$25×40+375=1375($元$)$
乙:$22.5×40+450=1350($元$)$
∵$1375>1350$,∴去乙商店购买更合算