解:$(1)$设经过$x$秒,点$M$与点$N$相距$54$个单位长度
根据题意,得$2x+3×2x+[6-(-8)]=54$,解得$x=5$
答:经过$5$秒,点$M$与点$N$相距$54$个单位长度$.$
$(2)$设经过$t $秒,点$P $到点$M$,$N$的距离相等
根据题意,得$ (2t+6)-t=(6t-8)-t{或}(2t+6)-t=t-(6t-8)$
解得$t=\frac {7}{2}$或$t=\frac {1}{3}$
答:经过$\frac {7}{2}$秒或$\frac {1}{3}$秒,点$P $到点$M$,$N$的距离相等$.$