解:$(1)$设甲种商品的原销售单价为$x$元,则乙种为$(1200-x)$元
得$(1-40%)x+(1-20%)(1200-x)=800$
解得$x=800$
$1200-800=400$
答:甲种商品的原销售单价是$800$元,乙种商品的原销售单价是$400$元。
$(2)800×(1-40%)=480($元$)$,$400×(1-20%)=320($元$)$
设甲种商品每件的利润为$y$元,则乙种商品每件的利润为$(y+20)$元
得$800y+1500(y+20)=99000$
解$y=30$,则$y+20=50$
得$480-30=450($元$)$,$320-50=270($元$)$
答:甲商品进价为每件$450$元,乙商品进价为每件$270$元。