$解:(1)∵抛物线y=x²-2mx+m²+2m-1过点B(3,5),$
$∴把B(3,5)代入y=x²-2mx+m²+2m-1.整理,得m²-4m+3=0,$
$解得m=1,m_{2}=3.$
$当m=1时,y=x²-2x+2=(x-1)²+1,其顶点A的坐标为(1,1);$
$当m=3时,y=x²-6x+14=(x-3)²+5,其顶点A的坐标为(3,5)$
$综上所述,顶点A的坐标为(1,1)或(3,5)$
$(2)∵y=x²-2mx+m²+2m-1=(x-m)²+2m-1,$
$∴顶点A的坐标为(m,2m-1).$
$由\begin{cases}{x=m,\ }\\{y=2m-1,}\end{cases}得y=2x-1.$
$∴y关于x的函数表达式为y=2x-1$