$解:(1)∵点A(2,4)在反比例函数y=\frac{m}{x}的图像上,$
$∴m=2×4=8$
$∴反比例函数的表达式为y=\frac{8}{x}$
$把(4,n)代入y=\frac{8}{x},得n=2$
$∴B(4,2)$
$把(2,4)和(4,2)代入y=kx+b,得\left\{ \begin{array}{l}{2k+b=4}\\ {4k+b=2}\ \end{array} \right.$
$解得\left\{ \begin{array}{l}{k=-1}\\ {b=6}\ \end{array} \right.$
$∴一次函数的表达式为y=-x+6$
$(2)设直线y=-x+6交y轴于点D.$
$在y=-x+6中,令x=0,则y=6,$
$∴ D(0,6).$
$设点C的坐标为(0,a),则CD=|6-a|.$
$根据题意,得S_{△ABC}=S_{△BCD}-S_{△ACD}=\frac{1}{2}CD·x_B-\frac{1}{2}CD·x_A=6,$
$即\frac{1}{2}|6-a|×(4-2)=6,解得a=0或12.$
$∴点C的坐标为(0,0)或(0,12)$