$(1)$证明:∵$EA=EF$,$DA=DF$,∴$DE$垂直平分$ AF$
∴$∠AGD=90°$,即$∠ADE+∠DAF=90°$
∵$∠BAF=∠ADE$,∴$∠BAF+∠DAF=90°$,即$∠BAD=90°$
∵四边形$ABCD$是平行四边形,∴四边形$ABCD$是矩形
$(2)$解:由$(1)$得四边形$ABCD $是矩形,∴$BC=DA$,$∠C=90°$
∵$DA=DF$,∴$BC=DF$
∵$BF=4$,$CD=12$,∴$CF=BC-BF=DF-4$
在$Rt△DCF $中,由勾股定理,得$CF²+CD²=DF²$
∴$(DF-4)²+12²=DF²$,解得$DF=20$
∴$DF $的长是$20$