解:$(1)$由题意得$AD=BC=CD=AB=6$,$∠ABC=∠ADC=90°$,$∠CAD=45°$
由折叠的性质得$CE=CD=6$,$EF=DF$,$∠CEF=∠ADC=90°$
又$∠CEF=∠CAD+∠AFE$
∴$∠AFE=90°-∠CAD=45°$,即$∠AFE=∠CAD$
∴$AE=EF$,即$ AE=DF$
在$Rt△ACD$中,由勾股定理,得$ AC =\sqrt {AD²+CD²}=6 \sqrt {2}$
∴$AE=AC-CE=6\sqrt {2}-6$,即$DF=6\sqrt {2}-6$
$(2)OG//CF$,理由如下:连接$DE$交$CF $于点$H$
由折叠的性质,得$CF $垂直平分$DE$
∴$DH=EH$,即$H$是$DE$的中点
∵$M$为$OD$的中点
∴$MH $是$△ODE $的中位线,即$MH//OE$,∴$QG//CF$
$(3)AE+BQ $的值存在最小值
在$BC$上取一点$ P$,使$CP=2$,连接$EP$,$AP$
∵$CQ=2$,∴$CP=CQ$
由$(1)(2)$得$CE=CD=BC=AB=6$,$∠ABC=90°$
∵$∠ECP=∠BCQ$,∴$△CEP≌△CBQ(\mathrm {SAS})$
∴$EP=BQ.$∴$AE+BQ=AE+EP≥AP$,
即当点$E$在线段$AP $上时,$AE+BQ $的值最小,且最小值为线段$AP $的长
∵在$Rt△ABP $中,$BP=BC-CP=4$
由勾股定理,得$AP= \sqrt {AB²+BP^2}=2 \sqrt {13}$
∴$AE+BQ $的最小值为$2 \sqrt {13}$