$解:(1)\because 在矩形ABCD中,AB=8,BC=16,$
$\therefore BC=AD=16,AB=CD=8,$
$由已知可得,BQ=DP=t,AP=CQ=16-t,$
$在矩形ABCD中,\angle B=90^{\circ},AD∥BC,$
$当BQ=AP时,四边形ABQP为矩形,$
$\therefore t=16-t,$
$解得:t=8,$
$\therefore 当t=8s时,四边形ABQP为矩形.$
$(2)四边形AQCP为菱形;理由如下:$
$\because t=6,$
$\therefore BQ=6,DP=6,$
$\therefore CQ=16-6=10,AP=16-6=10,$
$\therefore AP=CQ,AP∥CQ,$
$\therefore 四边形AQCP为平行四边形,$
$在Rt\triangle ABQ中,AQ=\sqrt{A{B}^{2}+B{Q}^{2}}=\sqrt{{8}^{2}+{6}^{2}}=10,$
$\therefore AQ=CQ,$
$\therefore 平行四边形AQCP为菱形,$
$\therefore 当t=6时,四边形AQCP为菱形;$
$(3)连接AC、BD,AC、BC相交于点E, $
$则整个运动当中,线段PQ扫过的面积是:\triangle AED的面积+\triangle BEC的面积,$
$\because \triangle AED的面积+\triangle BEC的面积=\frac{1}{2}矩形ABCD的面积,$
$\therefore 整个运动当中,线段PQ扫过的面积=\frac{1}{2}矩形ABCD的面积$
$=\frac{1}{2}\times AB\times BC$
$=\frac{1}{2}\times 8\times 16$
$=64$