$解:(1)∵点E是对角线BD的中点$
$又∵四边形ABCD是矩形$
$∴点E是AC的中点$
$∵点E的纵坐标为m$
$∴点A的纵坐标为2m$
$(2)∵∠ABD=45°$
$∴AD=AB=2m$
$∵点A在函数y=\frac 3 x的图像上,且点A的纵坐标为2m$
$∴A(\frac 3 {2m},2m)$
$∴B(\frac 3 {2m},0),D(\frac 3{2m}+2m,2m)$
$∵E是BD的中点$
$∴E(\frac 3 {2m}+m,m)$
$∵E在函数y=\frac 3 x的图像上$
$∴m(\frac 3 {2m}+m)=3$
$解得,m=\frac {\sqrt {6}}2(负值舍去)$
$∴m的值为\frac {\sqrt {6}}2$