解:$(1)$∵$\sqrt 9< \sqrt {13}< \sqrt {16},$$\sqrt {25}< \sqrt {29}< \sqrt {36}$
∴$3< \sqrt {13}<4,$$5< \sqrt {29}<6$
∴$\sqrt {13}$的小数部分$a= \sqrt {13}-3,$$\sqrt {29}$的整数部分$b=5$
∴$a+b- \sqrt {13}= \sqrt {13}-3+5- \sqrt {13}=2$
$(2)$∵$\sqrt 1<\sqrt 3<\sqrt 4$
∴$1< \sqrt 3<2$
∴$13<12+\sqrt 3<14,$即$13<x+y<14$
∵$x$是整数,且$0<y<1$
∴$x=13,$$y=12+\sqrt 3-13=\sqrt 3-1$
则$x-y=13- (\sqrt 3-1)=14- \sqrt 3$
∴$x-y$的相反数为$\sqrt 3-14$