$(1)$证明:∵四边形$ABCD$是平行四边形
∴$AB//CD,$$AD=BC,$∴$∠ABC+∠BCD=180°$
∵$BF,$$CG $分别平分$∠ABC$和$∠BCD$
∴$∠1=\frac 12∠ABC,$$∠4=\frac 12∠BCD$
∴$∠1+∠4=\frac 12(∠ABC+∠BCD)=\frac 12×180°=90°$
∴$∠2+∠3=90°$
∵$PE=BE$
∴$∠1=∠2,$∴$∠3=∠4$
∴$PE=CE,$∴$BE=CE,$即$E$是$BC$的中点
$(2)$解:∵四边形$ABCD$是平行四边形
∴$AD//BC$
∴$∠1=∠AF B$
∵$BF $平分$∠ABC,$∴$∠ABF=∠1$
∴$∠ABF=∠AF B,$∴$AB=AF$
$ $又$AB=4,$∴$AF=4$
$ $同理$DG=CD=AB=4$
∵$PE=3,$$BE=PE=CE$
∴$BE=CE=3$
∴$AD=BC=BE+CE=6$
∴$GF=AF+DG-AD=4+4-6=2$