解:$(2)$设$2025 - x = c,$$2023 - x = d,$
则$c - d=(2025 - x)-(2023 - x)=2,$
$(2025 - x)(2023 - x)=cd,$
所以$(2025 - x)^2+(2023 - x)^2=c^2+d^2$
$=(c - d)^2+2cd = 4056,$
即$2^2+2cd = 4056,$解得$cd = 2026,$
即$(2025 - x)(2023 - x)=2026。$
$(3)$因为正方形$ABCD$的边长为$x,$$AE = 1,$
$CG = 2,$
所以$DE = x - 1,$$DG = x - 2。$
因为四边形$NGDH$和$MEDQ $都是正方形,四边
形$PQDH$是长方形,长方形$EFGD$的面积是$5,$
所以$DE = EM = MQ = QD = x - 1,$
$DG = GN = NH = HD = x - 2,$
所以$S_{长方形EFGD}=(x - 1)(x - 2)=5,$
$S_{正方形MEDQ}=(x - 1)^2,$
$S_{正方形NGDH}=(x - 2)^2,$
$S_{长方形PQDH}=(x - 1)(x - 2)=5,$
设$x - 1 = a,$$x - 2 = b,$则
$a - b=(x - 1)-(x - 2)=1,$
$ab=(x - 1)(x - 2)=5,$
所以阴影部分的面积$=S_{长方形EFGD}+S_{正方形MEDQ}+$
$S_{正方形NGDH}+S_{长方形PQDH}$
$=5+(x - 1)^2+(x - 2)^2+5$
$=a^2+b^2+10$
因为$(a - b)^2=a^2+b^2-2ab,$
即$1^2=a^2+b^2-10,$解得$a^2+b^2=11,$
所以$a^2+b^2+10=21,$即阴影部分的面积为$21。$