解：$(1)$由题意，得$A$地考生的数学平均分为
$\begin{aligned}&\frac{90×3000 + 80×2000}{3000 + 2000}\\=&\frac{270000+160000}{5000}\\=&\frac{430000}{5000}\\=&86(\text{分})\end{aligned}$
$ (2)$不能。举例：如$B$地甲类学校有考生$1000$人，乙类学校有考生$3000$人，
则$B$地考生的数学平均分为
$\begin{aligned}&\frac{94×1000 + 82×3000}{1000 + 3000}\\=&\frac{94000+246000}{4000}\\=&\frac{340000}{4000}\\=&85(\text{分})\end{aligned}$
因为$85＜86，$所以不能判断B地考生数学平均分一定比A地考生数学平均分高。
