$解:(1)∵点A的坐标是(0,1),\ $
$∴点A 的等距点为(0+4,1+4)、(0+4,1-4)、$
$(0-4,1+4)、(0-4,1-4),\ $
$即(4,5)、(4,-3)、(-4,5)、(-4,-3),$
$∴当a=4时,点A在第一象限的等距点坐标为(4,5).$
$(2)由题意,得-3+a=1-a或-3-a=1+a,\ $
$解得a=2或a=-2.\ $
$∵a是正数,$
$∴a=2.\ $
$故当点A的横、纵坐标相同时的坐标为(-1,-1).$
$(3)点A(x,y)的所有等距点的坐标分别为(x+a, y+a)、$
$(x+a,y-a)、(x-a,y+a)、(x-a,y-a),$
$则所有等距点用线段依次连接起来所得到的图形$
$周长为|8a|,\ $
$由题意,得|8a|≤\frac{25}{4},$
$解得0<a≤\frac{25}{32}.$