解:$(1)$设$A$市与$ B$市之间的路程是$x $千米$.$
根据题意,得$\frac {200x}{80}+20x+900-(\frac {200x}{100}+15x+2000)=1100.$
解得$x=400.$
答:$A$市与$B$市之间的路程是$400$千米$.$
$(2)$选择汽车的总费用为$(\frac {s}{80}+3.1)×200+20s+900= (22. 5s+1520)$元,
选择火车的总费用为$(\frac {s}{100}+2)×200+15s+2000=(17s+2400)$元,
当两种运输方式的总费用相等时,由$22.5s+1520=17s+2400$,得$s=160.$
所以当$s>160$时,选择火车运输比较合算;
当$s=160$时,两种运输方式的总费用相同;
当$s<160$时,选择汽车运输比较合算.