$解:(1)设正比例函数的解析式为y=kx(k≠0)$
$∵点P(4,6)在函数y=kx的图象上$
$∴6=4k,k=\frac 32$
$∴正比例函数的解析式为y=\frac 32x$
$∵点Q(6,t)在函数y=\frac 32x的图象上$
$∴t=\frac 32×6=9$
$∴点Q的坐标为(6,9)$
$(2)∵点M在x轴上$
$∴设点M的坐标为(m,0)$
$∵△MPQ的面积等于18$
$∴18=\frac 12×|m|×9-\frac 12×|m|×6$
$解得m_1=12,m_2=-12$
$∴点M的坐标为(12,0)或(-12,0)$