$解:(1)设运动时间为ts$
$由题意得BP=AB-AP=(6-t)\mathrm {cm},BQ=2t\mathrm {cm}$
$∴S_{△PBQ}=\frac 12(6-t)×2t=8$
$解得t_1=2,t_2=4$
$∴运动开始后2s或4s,△PBQ的面积等于8\ \mathrm {cm^2}$
$(2)由题意得S=6×12-\frac 12×(6-t)×2t=t^2-6t+72$
$自变量t的取值范围为0≤t≤6$
$(3)S=t^2-6t+72=(t-3)^2+63$
$当t=3时,S最小,最小为63\ \mathrm {cm^2}$