解$：(1)$设该轮船在静水中的速度是$x\ \mathrm {km/h}，$水流速度是$y\ \mathrm {km/h}$
根据题意，得$ \begin{cases}{6(x+y)=90 } \\{(6+4)(x-y)=90} \end{cases}$ 解得$\begin{cases}x= 12\\y=3\end{cases}$
答:轮船在静水中的速度是$12\ \mathrm {km/h}，$水流速度是$3\ \mathrm {km/h}。$
$(2)$设甲地和丙码头之间相距$a\ \mathrm {km}，$则乙地和丙码头之间相距$(90-a)\ \mathrm {km}$
根据题意，得$\frac {a}{12+3}=\frac {90-a}{12-3}$
解得$a =56.25$
答:甲地和丙码头之间相距$56.25\ \mathrm {km}。$
