解:$ (1)$由题意,得$(12-2x)(8-2x)=60$
解得$x_{1}= 1,$$x_{2}= 9($不合题意,舍去)
答:当剪去的小正方形边长为$1\ \mathrm {cm} $时,折成的长方体盒子的底面积是$60\ \mathrm {cm}²。$
$(2)$设长方体盒子的侧面积是$S\ \mathrm {cm}²$
$S=2[(12-2x)x+(8-2x)x]=-8(x-\frac {5}{2})²+50$
当$x=\frac {5}{2}$时,$S $取得最大值,最大值为$50$
答:剪去小正方形边长为$\frac {5}{2}\ \mathrm {cm} $时,折成的长方体盒子的侧面积有最大值$50\ \mathrm {cm}²。$