解:$(1)$将点$(3,$$1)$代入$y_1=x+b$得,$b=-2$
将点$(3,$$1)$代入$y_2=\frac kx$得,$k=3$
∴函数表达式为$y_1=x-2,$$y_2=\frac 3x$
$(2) $当$ x>3 $时,$ y_1>y_2 ,$ 理由如下:
当$ x=3 $时,$ y_1 =y_2=1 $
又 ∵当$ x>3 $时,$ y_1 $随$ x $的增大而增大,$ y_2 $随$ x $的增大而减小
∴当$ x>3 $时,$y_{1}>y_{2}.$