解:$(1)$∵$m+n=3,$$mn=1,$
∴$(m+n)^2=9,$$2mn=2.$
∴$\mathrm {m^2}+n^2+2mn=9,$
∴$\mathrm {m^2}+n^2=7,$
∴$(m-n)^2=\mathrm {m^2}+n^2-2mn=7-2=5$
故答案为:$5.$
$(2)$设正方形$BCFG$与正方形$ACDE$的边长分别为$m,$$n,$
∵$AB=6,$
∴$m+n=6,$
∵两正方形的面积和为$20,$
∴$\mathrm {m^2}+n^2=20,$
∵$(m+n)^2=36,$
∴$\mathrm {m^2}+n^2+2mn=36,$
∴$20+2mn=36,$
∴$mn=8,$
∴$\triangle AFC$的面积$=\frac {1}{2}mn=\frac {1}{2}×8=4.$