$解:(3) 由题意,得新抛物线的顶点坐标是(2,5),$
$所以新抛物线的函数表达式为y=-(x-2)²+5=-x²+4x+1.$
$设P(x,-x²+4x+1),$
$则Q(x,- \frac {1}{2} x-1).$
$所以 PQ=-x²+4x+1-(-\frac {1}{2} x-1)$
$=-x²+ \frac {9}{2} x+2.$
$设直线l交x轴于点H,交y轴于点K,$
$则K(0,-1)H(-2,0),$
$所以OK=1,OH=2,$
$所以HK= \sqrt{OK²+OH²} =\sqrt{5} ,$
$所以 cos ∠ OKH = \frac {OK}{HK} = \frac {\sqrt{5}}{5} 。$
$因为以PQ为直径的圆交直线于M,N两点,$
$所以MN中必有一点与点Q重合,$
$不妨设点N与点Q重合.$
$因为PQ⊥x轴,$
$所以PQ//OK,$
$所以∠PQM=∠OKH ,$
$所以 cos ∠ PQ M = \frac {\sqrt{5}}{5} .$
$连接PM.因为PQ 是直径,$
$所以∠ PM Q =90°,$
$所以 cos ∠ PQ M =\frac {MQ}{PQ} = \frac {\sqrt{5}}{5} ,$
$所以MQ= \frac {2\sqrt{5}}{5}\ \mathrm {PQ}= \frac {\sqrt{5}}{5} (-x²+ \frac {9}{2} x+2)$
$= -\frac {\sqrt{5}}{5} (x-\frac {9}{4})²+ \frac {113\sqrt{5}}{80} .$
$令-(x-2)²+5=0,$
$解得x_1=2-\sqrt{5} ,x_2=2+\sqrt{5} .$
$因为P是新抛物线x轴上方一动点,$
$所以2-\sqrt{5} \lt x\lt 2+ \sqrt{5} .$
$因为- \frac {\sqrt{5}}{5} \lt 0,$
$所以当x= \frac {9}{4} 时,MQ取最大值\frac {113\sqrt{5}}{80}$
$故MN长的最大值是 \frac {113\sqrt{5}}{80} .$