$解:(2) 如图,过点A作AD⊥BC于点D,$
$则∠ADB=∠ADC=90°。$
$因为∠BAC=90°,AB=4\sqrt{5} ,BC=10,$
$所以AC=\sqrt{BC²-AB²} =2 \sqrt{5} ,$
$所以S_{△ABC}= \frac {1}{2}× AB×AC=20.$
$又S_{△ABC}= \frac {1}{2}×BC×AD,$
$所以AD= \frac {2×20}{10} =4,$
$所以BD=\sqrt{AB²-AD²} =8,$
$CD= \sqrt{AC²-AD²} =2.$
$因为点E是△ABC中边BC上的“平方点”,$
$所以AE²=BE×CE.$
$又AE²=AD²+DE²,$
$所以BE×CE=AD²+DE².$
$设BE=x,$
$则CE=BC-BE=10-x,$
$DE=|BD-BE|=|8-x|,$
$所以x(10-x)=16+|8-x|²,$
$解得x=5或8.$
$故BE的长为5或8.$