解:$(1)$将$D(3$,$1)$代入$y=\frac {k}{x}$中,得$1= \frac {k}{3}$,解得$k=3$
∴该反比例函数的表达式为$y=\frac {3}{x}$
$(2)①$∵$D(3$,$1)$是边$BC$的中点,$∠ACB= 90°$
∴点$B$的坐标为$(3$,$2)$,∴$BC=2$,$OC=3$
∵$△ABC$与$△EFG $成中心对称,∴$△EFG≌△ABC$
∴$EG=AC=1$,$FG=BC=2$,$∠EGF=∠ACB=90°$
∴点$E$的横坐标为$1$
在$y=\frac {3}{x}$中,当$x=1$时,$y=\frac {3}{1}=3$
∴点$E$的坐标为$(1$,$3)$,∴$OG=3$,∴$OF=OG-FG=1$
②∵$OC=3$,$AC=1$,∴$AO=OC-AC=2$
∵$FG=AO=2$,$GE=OF=1$,$∠EGF=∠FOA=90°$
∴$△EFG≌△FAO(\mathrm {SAS})$,∴$FE=AF$,$∠GEF=∠OFA$
∵$∠GFE+∠GEF=90°$,∴$∠GFE+∠OFA=90°$
∴$∠EFA=90°$
同理,得$∠FAB=90°$,∴$∠FAB+∠EFA=180°$
∴$EF//AB$
由$(2)①$得$△ABC≌△EFG$,∴$AB=EF$
∴四边形$ABEF $是正方形